La presencia Salesiana en Honduras comienza a gestarse a finales del siglo XIX, específicamente en el año 1887 con la solicitud que el Obispo de Comayagua, Mons. Francisco Vélez, hizo a San Juan Bosco para que los Salesianos se hicieran cargo del Seminario diocesano y de una obra de promoción juvenil en Comayagua. Debido a la muerte del santo, el Beato Miguel Rúa, su primer sucesor respondió negativamente a la petición, debido a la escasez de personal. En 1903 el Gobernador político de Comayagua, Sr. Francisco Cáceres y Mons. José María Martínez y Cabañas, Obispo de Comayagua y luego primer arzobispo metropolitano de Tegucigalpa, solicitan al P. José Misieri, superior de los Salesianos en Centro América, la fundación de una casa Salesiana en Honduras. Finalmente, en febrero de 1905 llegan los iniciadores de la obra de Comayagua: Padre Hugo Wrobel, Señor José Zepeda, Señor José Miglia y Hermano Esteban Tosini. Se comienza un oratorio festivo y un pequeño centro de formación en artes y oficios. Pero, en 1907 debido al clima de inestabilidad política imperante en Honduras, se cierra la obra Salesiana de Comayagua.
En 1909 con la Visita del Internuncio de su santidad en Centro América, el Cardenal Salesiano Giovanni Cagliero, se renueva el interés Salesiano por establecer en la República de Honduras. El Cardenal Cagliero conduce con brillantez y agudeza la promoción de la fundación de un colegio de enseñanza superior en Honduras.
Es así, que la fundación del Instituto Salesiano San Miguel se remonta al año 1911 en Comayagüela, gracias a las acertadas gestiones del insigne Cardenal Salesiano Giovanni Cagliero, los primeros salesianos que comenzaron la labor educativa con la juventud hondureña son los muy recordados: P. Pío Baldiserotto, P. José Dini, Sr. Rubén de Jesús Aráusz y Sr. Carlos Sugliani. La obra salesiana se inicia en una casa alquilada a Don Santos Soto, allí se atienden 103 niños que asisten a los primeros cuatro grados de la escuela primaria; al año siguiente se abrirá, en el mismo lugar, una escuela de Artes y Oficios que capacitará a jóvenes aprendices en zapatería y en carpintería. Será hasta el año 1926, bajo la dirección del P. José Miglia, que comenzará a funcionar la escuela secundaria.
El año 1930, señala el comienzo de una nueva época en la historia del Instituto. Los esfuerzos acumulados por años y años de varios salesianos dinámicos, en modo especial por el P. José Miglia, comenzaron a producir sus frutos.
Fue a partir de este año, bajo la dirección del P. Francisco Martinelli cuando el Instituto comenzó a funcionar en un edificio propio, y a finales de ese mismo año, el prestigioso «Instituto Normal San Miguel» como era conocido en aquellos días, entrega a la sociedad hondureña su primera promoción de bachilleres.
Se inicia la primera gran época del San Miguel, la cual comprende de 1930 a 1968. Los grandes salesianos de este período son: Padre José Miglia, Padre José Misieri, Padre José Dini, Padre Rubén de Jesús Arauz, Padre Mario Morera, Padre Laureano Ruíz, Padre Hugo Wrobel, Padre Eustacio Sánchez, Padre Guillermo Chavarría, Padre José María Pacheco, Padre Aldo Moro, Monseñor José de la Cruz Turcios y Barahona, Monseñor Héctor Enrique Santos, Cardenal Óscar Andrés Rodríguez, Padre José Loucel, Padre Carlos Paniagua, Padre Alfonso Evertsz, entre otros.
Cuarenta años después el Instituto Salesiano San Miguel se trasladaría a los terrenos ubicados frente a la Colonia Payaquí, la primaria se traslada en el año 1969 y la secundaria en1970. Se inicia la segunda gran época del San Miguel. Se construye dos moderno edificios de aulas, laboratorios, instalaciones deportivas y educativas, y un majestuoso y bello Templo Los grandes salesianos de este período son: Padre Aldo Turco, Padre Isidro González, Padre Félix Serrano, Padre Agustín Vásquez, Padre Guerrino Giacomel, Padre Carlos Paniagua, Padre José Loucel, Monseñor Luis Alfonso Santos, Monseñor Óscar Julio Vián Morales, Padre Roberto Paíz, Padre Carlos Chiu, Padre Dionisio Pacheco, entre otros.
En el año 2010, la Urna con la Reliquia de San Juan Bosco visita Centroamérica.
En el año 2011, se celebra con júbilo el Centenario de la presencia salesiana en Honduras.